Политзаключенный священник, преследуемый за миротворчество
Летом 2020 года после критики главного храма Вооружённых сил митрополит запрещал Курмоярова в служении «в связи с несоответствием званию клирика РПЦ» на два месяца, священник был также лишён места доцента кафедры церковного богословия в Новосибирской семинарии.
1 апреля 2022 года решением Новосибирской епархии и указом патриарха Кирилла отец Иоанн был лишён сана за публичную позицию против войны с Украиной. В настоящее время отец Иоанн имеет сан в Русской Православной Церкви Заграницей под омофором митрополита Агафангела. Резиденция главы церкви находится в Одессе.
7 июня 2022 года силовики провели у Иоанна Курмоярова, в монашестве отца Иоанна, обыск и изъяли технику, две иконы, деревянный крест и подрясник.
8 июня 2022 года судья Калининского районного суда Санкт-Петербурга Татьяна Алхазова избрала отцу Иоанну меру пресечения в виде заключения под стражу.
Независимый правозащитный проект «Поддержка политзаключённых. Мемориал», продолжающий работу тематической Программы ликвидированного государством ПЦ «Мемориал», согласно международному руководству по определению понятия «политический заключённый», находит, что уголовное дело против Иоанна Курмоярова (отца Иоанна) является политически мотивированным, направленным на недобровольное прекращение или изменение характера его публичной деятельности, осуществляется исключительно из-за его ненасильственной деятельности, направленной на защиту прав человека, его убеждений, в связи с ненасильственным осуществлением свободы выражения мнения и информации.
31.08.2023 г. Отец Иоанн был осужден Калининским районным судом г. Санкт-Петербурга и приговорен к трем годам лишения свободы в колонии общего режима, по статье 207.3, ч.2 УК РФ. Своим решением суд также запретил отцу Иоанну любую публичную деятельность в сети интернет сроком на два года. Суд постановил зачесть срок пребывания в СИЗО из расчета один день за полтора. 01.08.2024 г. отец Иоанн был освобожден из колонии ИК-5 «Металлстрой».
В настоящее время отец Иоанн покинул Россию и продолжает служение во Франции.