Prêtre et prisonnier politique, persécuté pour ses actions en faveur de la paix.
Au cours de l'été 2020, après avoir critiqué la cathédrale principale des forces armées russes, le métropolite a suspendu Kourmoïarov de ses fonctions pour une durée de deux mois « en raison d'un manquement aux obligations professionnelles d'un clerc de l'Église orthodoxe russe». Le prêtre a également été démis de ses fonctions de professeur associé à la chaire de théologie dogmatique du séminaire de Novossibirsk.
Le 1er avril 2022, par décision du diocèse de Novossibirsk et par décret du patriarche Cyrille, le père Jean a été déposé (destitué de son état clérical) en raison de sa prise de position publique contre la guerre avec l'Ukraine. Actuellement, le père Jean exerce son ministère au sein de l'Église orthodoxe russe hors frontières (EORHF), sous l'omophorion du métropolite Agathange. La résidence du chef de cette Église se trouve à Odessa.
Le 7 juin 2022, les forces de l'ordre ont perquisitionné le domicile d'Ioann Kourmoïarov (père Jean en monachisme), saisissant du matériel informatique, deux icônes, une croix en bois et une soutane. Il a été arrêté et inculpé en vertu de l'alinéa « d » de la partie 2 de l'article 207.3 du Code pénal de la Fédération de Russie. Selon l'acte d'accusation des services d'enquête, l'affaire a été ouverte suite à la publication par Kourmoïarov de quatre vidéos sur le réseau social « VKontakte ». Dans ces vidéos, le père Jean exprimait notamment son opinion sur la guerre en Ukraine. Les experts linguistes mandatés pour analyser les vidéos ont conclu que Kourmoïarov « diffusait des informations notoirement fausses sur les forces armées de la Fédération de Russie ».
Dans ses vidéos consacrées à la guerre en Ukraine, le ecclésiastique critiquait l'agression russe du point de vue de la doctrine chrétienne. Un extrait est devenu particulièrement viral, dans lequel le père Jean s'interroge sur le sort futur des agresseurs : « Dans le paradis, on trouve "Heureux les artisans de paix" — les artisans de paix, vous comprenez où est le problème ? Quant à ceux qui ont déclenché l'agression, ils ne seront pas au paradis », déclarait le prêtre.
Le 8 juin 2022, Tatyana Alkhazova, juge au tribunal du district Kalininski de Saint-Pétersbourg, a ordonné le placement en détention provisoire du père Jean. L'audience s'est tenue en l'absence de l'avocat de Kourmoïarov, Me Leonid Krikoun, bien que ce dernier eût informé les enquêteurs de sa constitution le matin même. L'enquêteur avait au contraire assuré à l'avocat que l'audience n'aurait lieu que le 9 juin.
Kourmoïarov a souligné qu'il « avait pu sembler dur à certains dans ses propos », mais que ceux-ci n'étaient « que des jugements de valeur fondés sur l'Évangile ». Il a rappelé qu'il était un « pacifiste chrétien » et que « le commandement principal est "Tu ne tueras point" ; il ne doit pas y avoir de guerre ». Le ecclésiastique a également assuré le tribunal qu'il ne représentait aucun danger pour la société et n'avait pas l'intention de fuir. Le tribunal a néanmoins fait droit à la demande des enquêteurs, plaçant Kourmoïarov en détention provisoire jusqu'au 6 août 2022. Durant son séjour en centre de détention (SIZO), le père Jean a subi des pressions de la part d'agents du Comité d'enquête et du FSB, visant à le contraindre à s'auto-incriminer.
Le projet indépendant de défense des droits de l'homme « Soutien aux prisonniers politiques. Memorial », qui poursuit l'œuvre du programme thématique du Centre des droits de l'homme « Memorial » (liquidé par l'État), estime, conformément aux lignes directrices internationales sur la définition du concept de « prisonnier politique », que les poursuites pénales contre Ioann Kourmoïarov (père Jean) sont politiquement motivées. Elles visent à faire cesser ou à modifier par la contrainte la nature de ses activités publiques, et sont menées exclusivement en raison de ses activités non violentes de défense des droits de l'homme et de ses convictions, dans le cadre de l'exercice non violent de sa liberté d'expression et d'information.
Pendant sa détention au SIZO, les médias ecclésiastiques officiels ont continué à faire pression sur le prêtre, des chaînes de télévision orthodoxes diffusant des reportages portant atteinte à son honneur et à sa dignité.
Le 31 août 2023, le père Jean a été reconnu coupable par le tribunal du district Kalininski de Saint-Pétersbourg et condamné à trois ans de prison dans une colonie pénitentiaire à régime général, en vertu de la partie 2 de l'article 207.3 du Code pénal de la RF. Par sa décision, le tribunal a également interdit au père Jean toute activité publique sur Internet pour une durée de deux ans. Le tribunal a ordonné que la période passée en détention provisoire soit comptabilisée à raison d'un jour pour un jour et demi de colonie. Le 1er août 2024, le père Jean a été libéré de la colonie pénitentiaire IK-5 « Metallstroï ».
Actuellement, le prêtre fait toujours l'objet d'une interdiction d'activité publique et est soumis à une surveillance administrative. Il est privé de la possibilité de prêcher ouvertement, d'enseigner les disciplines théologiques (c'est-à-dire d'exercer sa profession) et de publier ses travaux. Son casier judiciaire ne lui laisse que la possibilité de gagner sa vie par des travaux physiques pénibles, ce qui lui est impossible en raison de son âge et de son état de santé. De plus, le père Jean est privé du droit de célébrer le culte en tant que prêtre orthodoxe sur le territoire de la Fédération de Russie, l'acte d'accusation affirmant qu'en tant que clerc de l'EORHF, il pourrait prétendument mener des activités destructrices et extrémistes, et semer la haine et la discorde interreligieuse en Russie.